«Por lo demás, todo aquel empeño mío que había puesto en progresar en la secta se me acabó totalmente apenas conocí a aquel hombre, pero no hasta el punto de separarme definitivamente de ella, pues no hallando de momento cosa mejor determiné permanecer provisionalmente en ella, en la que al fin había venido a dar, hasta tanto que apareciera por fortuna algo mejor...» (Confesiones V,7,13).

1) científicas; no encuentra concordancia entre las soluciones que le proponen los maniqueos y las de los filósofos; inicialmente pensó que tales problemas no entraban dentro del terreno de la fe, pero luego consideró que un hombre (Manes) que habló y enseñó con la autoridad de los Apóstoles de Cristo, considerándose la voz del Espíritu Santo, no puede equivocarse en estos asuntos científicos:

«No me convencía la explicación de los solsticios, equinoccios y eclipses y de otros temas que había aprendido en los libros de la sabiduría profana... Sin embargo, se me exigía el creer en aquella doctrina, que no concordaba con las explicaciones basadas sobre los números y sobre el testimonio de mis ojos» (Confesiones V,3,6).

2) bíblicas, pues un tal Elpidio sostenía públicamente en Cartago que los textos del Nuevo Testamento habían sido interpolados, pero semejante afirmación no la demostraba «críticamente», sino que se limitaba a propagar que «los escritos del Nuevo Testamento habían sido falsificados, no se sabía por quién, con el propósito de establecer la ley de los judíos en la fe cristiana» (Confesiones V,11,21). Agustín por su parte posteriormente dirá:    

«También me alegraba de que las Antiguas Escrituras de la ley y los profetas ya no se me propusiesen en aquel aspecto que antes, en que me parecían absurdas, reprendiéndolas como si tal hubieran sentido tus santos, cuando en realidad nunca habían sentido de ese modo...» (Confesiones V,11,21; VI,4,6).

3) Finalmente, encontraba otras dificultades metafísicas, pues aunque siguiendo al maniqueísmo «cuando yo quería pensar en mi Dios no sabía sino imaginar masas corpóreas, pues no me parecía que pudiera existir lo que no fuese tal (...). De aquí nacía también mi creencia de que la sustancia del mal era propiamente tal (corpórea) y que era una mole negra y deforme...» (Confesiones V,10,19; 20). Sin embargo, llegó el momento en que no veía clara la teoría de una guerra entre un dios bueno y otro malo: ¿qué pasa si el dios bueno no quiere combatir con el dios malo? Y no puede decirse que el dios malo lo obliga, porque en tal caso debe afirmarse que el dios bueno no es perfecto.

«Hecho esto, se reunieron con él todos los elegidos que se pudo encontrar en Roma. Se propuso como norma de vida un reglamento tomado de la carta de Manes; pero a muchos de ellos les pareció un yugo intolerable y se fueron, y los demás se quedaron por vergüenza. Se comenzó a vivir como se había determinado y como lo prescribía autoridad tan grande: el oyente, a la vez que urgía con vehemencia a todos al cumplimiento de todos los puntos de la regla, iba el primero a todo. Durante este tiempo se suscitaban con excesiva frecuencia riñas y altercados entre los elegidos, echándose en cara unos a otros sus crímenes, que el oyente veía con dolor, y procuraba que en sus altercados se descubrieran a sí mismos, y aparecían cosas infames e inhumanas. Entonces se conoció lo que eran aquellos hombres, que se creían los únicos capaces de soportar todo el rigor de su doctrina y preceptos. ¿Qué se podía ya sospechar de los demás, o mejor, qué juicio emitir sobre su conducta? ¿Qué más? Obligados como estaban, acabaron por declarar sordamente que aquella disciplina era insoportable, y desde ese momento comenzó la sedición y la rebelión. El oyente defendía su causa con un dilema muy sencillo: o se debían cumplir todos los preceptos o había que considerar como el más insensato de los mortales a quien imponía tales preceptos con condiciones tales que nadie podía practicarlos. Sin embargo, triunfó, como no podía menos de suceder, la gritería desenfrenada de casi todos contra la opinión o parecer de uno solo. Al fin el mismo obispo cedió y con gran infamia huyó también.
Aceptaba, a lo que parece, contra la regla, manjares exquisitos que le llevaban ocultamente y que pagaba con esplendidez con dinero particular que ocultaba con mucho tacto  y cautela» (De las costumbres de los maniqueos II,20,74).